“后发优势”最著名的信奉者当然是林毅夫。在1994年出版的《中国的奇迹》中，他作出了中国经济按购买力平价计算有可能在2015年赶上美国的判断。
留学归国后的体制内经验，让林毅夫成为一个务实的政策研究者，他不再毫无保留地信奉他曾投身的芝加哥经济学派——这一学派以相信自由市场在经济运行中的自我调节力量闻名于世。
1988年是他学术立场发生根本转变的关键一年。那一年，他参与讨论治理通货膨胀，“当时直接用了停项目、砍投资的行政手段，而不是按照西方教科书里写的那样提高利率、增加投资成本。一开始我也不理解，但后来想通了，面对的现实条件不一样，最优选择也就不一样。如果照搬从美国学的方法，大量资不抵债的国有企业破产怎么办，国防安全又怎么办？”
林毅夫称这种学术思维转变为“顿悟”。“有多少人亲自参与过改革决策的讨论，又有多少人真正去面对过这个过程？”他强调，自己也是“去西天取过经的人”，“但我和其他人不一样，他们总以为发达国家有一本‘真经’，但我终于发现，这样的‘真经’并不存在。”
因此，林毅夫对杨小凯演讲观点的反驳丝毫不令人奇怪。他不认为一个后发国家只有完成英美式的制度变革才能实现经济的可持续增长。他以推行“休克疗法”并发生经济动荡的前苏联与东欧为例解释双轨制存在的合理性，“保留计划轨会滋生腐败，在政治上的代价很高，当市场的那一轨相当强大以后，放弃的经济代价变小，实现市场单轨的时机也就成熟了。所以，双轨制是给进一步改革创造了条件，而不是像杨文所认为的，强化了国家机会主义”。
林毅夫专门将反驳文章寄给杨小凯，并收到了回应文章。杨小凯写下一些相当严厉的批评：“林文强调渐进改革的好处，我们认为一个独立的学者要研究渐进改革中的两难冲突。”
2002年，两人的文章同时刊登在当年春季的《经济学（季刊）》上。这本学术期刊由当时的北京大学中国经济研究中心主办，林毅夫是该中心主任。
这场论辩发生后不久，杨小凯被确诊为癌症晚期。
2004年7月，杨小凯去世后，北京大学中国经济研究中心举行悼念座谈会，主办者和主持人都是林毅夫。他在发言中说道：“公开的学术争论，言辞难免尖刻……众士之诺诺，不如一士之谔谔。”
到底什么才是一个良序市场经济所要求的基本制度构架，中国的经济学为之该向何处去
在杨小凯去世后的10年里，林毅夫获得了更大的声望，也承受了更多的非议。
他常被称为“最被主流接受的经济学家”。这一评价既是他所拥有影响力的证明，也成为他遭遇批评的原因。“缺少知识分子的批判精神”，是批评者们持有质疑态度的关键所在。
“人的经历对他的专业思想和公共关怀有太大影响了。林毅夫偷渡过来投奔大陆的时候，杨小凯刚刚结束10年牢狱之灾，他们的观点怎么可能没有分歧，怎么可能取得一致看法呢？”朱学勤如此评价杨林之争。
