这张大字报给他带来了巨大的灾难，康生和江青震怒于这种完全摆脱官方意识形态的大胆观点。他被以反革命罪判处入狱10年。
某种意义上，革命的无常与监狱10年重塑了杨小凯。“在经历过革命的骚动，有过被剥夺社会地位的痛苦经历，受尽侮辱和羞耻后，秩序和理性的恢复对我来说像是雨后的阳光。我像所有参加过革命的旧日贵族一样，在秩序和理性恢复时，感到深深的歉疚——为我过去革命的狂热。”他曾这样回忆道。
他的朋友黄有光、朱学勤都认为，杨小凯经济学思想中对于政府之手的怀疑和警惕，与他在“文革”期间的遭遇不无关系。
林毅夫到达百废待兴的大陆后，最早希望进入中国人民大学学习政治经济学，却因“背景复杂”被拒绝。后来北京大学经济系副主任董文俊与他进行了一次深入的谈话。“说话很有分寸、认真严谨，是个想搞事业的人，不像有什么特殊目的。”董后来这样回忆当时对林的印象。
进入北大后，这位没有经历过“文革”与“上山下乡”的台湾国立政治大学企业管理研究所的硕士研究生，很快显露出天赋，在同学中脱颖而出。
他将自己的名字林正谊改为林毅夫，取自《论语》中“士不可以不弘毅,任重而道远”。差不多同一时候，长沙的杨曦光也放弃了旧名，改用自己的乳名“小凯”。
公信力要用自己的职业来建立，用自己专业领域里的建树来说服人，否则的话，这历史有什么进步
追思会后的晚宴上，历史学家朱学勤端起酒杯，讲了一个发生在1997年的故事。那一年，他与正在澳大利亚教书的杨小凯同在哈佛访学。偶然的机会，他们遇到一位在“文革”期间因写大字报而入狱的风云人物。见到杨小凯后，此人说的第一句话是：“小凯啊，我喜欢你‘文革’当中的文章，我不喜欢你现在的文章，现在的文章是温吞水，没有战斗力。”
杨小凯笑了笑，没有反驳。他后来与朱学勤到查尔斯河边散步，叹了一口气说：“‘文革’当中走出来我们这一代多少人，大多数都冻结在那个时代了，成了那个时代思想的化石，很少人能够走出来。”
那个时候的杨小凯已经醉心学术，经常每周工作7天，每天工作12个小时，连逛一次超级市场也被他视为一件“值得高兴的事”。与学生见面打招呼时，他总是说，“模型怎么样呀？模型乖不乖啊？”有一次，杨向朱学勤感慨自己在普林斯顿大学读博士时之艰苦，“要比坐10年牢还难”。朱便问他，以他的经历，为什么出国后不像其他一些人一样，投身公共领域，成为一个政论家或者社会活动者。
杨小凯的回答让朱学勤在多年后仍难以忘怀：“他说，我反对那种灭了所有的职业，只剩下自己一种职业的社会活动者。我们应该用能在社会里站住脚的经历去建立公信力，再去争取民主法治。怎么建立公信力？就是用自己的职业、自己的专业来建立，哪怕你是一个牙医、一个记者，甚至是一个鞋匠，都要用你自己专业领域里面的建树来说服人。否则的话，这历史有什么进步？”
“可以说，小凯很早就有了对专业主义的认识，完成了革命者的转型，这让我觉得很了不起。在我们这一代人里，我没有看到其他任何一个人可以走得这么远。”朱学勤说。
