第四，没有形成责权清晰的多主体参与的生态治理机制。生态治理不单纯是政府的责任，而是整个社会的责任，包括政府、企业、非政府组织和普通公众。目前公众的生态治理参与意识虽然逐渐增强，对空气污染、水污染、化工厂污染等表示了极大的关注,但总的来说，一方面，公众参与生态治理的素养不高，很多选择网络参与，存在不够理性、缺乏秩序的问题；另一方面，公众利益表达渠道不畅，多主体参与生态治理的相关制度和参与平台建设滞后，缺乏正规的、合适的参与途径，围绕生态问题的社会矛盾呈多发趋势。
第五，市场机制尚不健全，作用难以有效发挥。在生态文明治理机制中，市场是一个重要的治理机制。但当前我国生态治理的市场机制尚不成熟，其作用难以有效发挥。主要表现在：资源性产品定价过低，价格中未能包含供求稀缺价值和生态价值，致使过度消费现象普遍；生态治理的市场化机制不完善，很多制度仍处于试点阶段，再加上违法处罚成本低，企业的排污行为未受到控制；绿色信贷的实施过程中存在银行成本偏高、银行征信系统与环保部门信息沟通机制不完善、政府为保障税收而为企业银行牵线搭桥等问题，部分获得信贷的企业不够绿色；一些企业为追求利润，将产品的绿色化当作卖点，而良莠不齐、假冒不止、监管不严的问题扰乱了正常的市场竞争秩序，甚至引致劣胜优汰现象的产生，等等[13]。
第六，法律体系不健全，存在执法不严现象。2014年《环境保护法》全面修订后，许多地方启动了制定地方环保法规的进程，但由于能力不足和急于求成，缺乏充分讨论和深入咨询，一些法律规定还存在欠科学的地方，立法质量有待进一步提高。法制建设方面，随着《环境保护法》的修订，水、土壤等相关的环保法律法规已经显得有些落后于现有制度[14]。有学者认为，我国与生态建设和环境保护相关的法律体系依然是不完整、不完善的。例如，与生态关系极其密切的土地和水流，从产权到开发、从规划到利用、从使用到管理……还处于比较混乱的局面，缺少统一治理的制度，许多地方土地开发处于无序的状态；水资源管理、水的开发与利用、用水与排水等不能统一与协调，这些情况不仅造成土地和水流的低效使用与严重浪费，而且给国家的生态环境带来极大危害，甚至严重破坏了生态平衡[15]34。此外，在环境执法领域，有法不依、执法不严的问题还比较严重。
第七，干部考核体系还没有充分反映生态文明建设的要求，存在着生态目标与其他目标考核配合度不够的问题。正是这种体制机制上的不尽完善，使得一些地方政府常常以牺牲环境指标来完成其他更具优先性的指标。
此外，人口众多、人均资源占有量低、地区差距大和改善民生任务繁重等，都极大提高了我国生态治理的难度，使我国生态治理面对着特殊的困难。我国是一个有着13亿多人口的发展中大国，在占世界7%的国土面积上生活着占世界20%的人口，各种资源总量虽多，但人均水平很低。我国的现实国情使得生态文明建设的任务更重，生态治理现代化的任务更艰巨也更紧迫。我国耕地、林地少，难以利用的土地多，后备土地资源不足；人均淡水资源占有量仅为世界人均水平的1/4，在世界上排名百位之后，是世界上人均占有水资源最贫乏的13个国家之一，目前全国城市中有约2/3的城市缺水，有约1/4的城市严重缺水，水资源短缺已成为制约经济社会持续发展的重要因素之一；目前我国森林面积和林木蓄积量在世界上排第6位，但人均量分别仅及世界人均值的1/6和1/8；我国有45种主要矿产资源,人均占有量不足世界人均水平的一半，许多重要资源更是远低于世界平均水平。同时，我国刚刚进入工业化后期，第三产业、高技术产业和环保产业发展滞后，单位GDP能耗远高于发达国家，万元工业增加值用水量是发达国家的3~4倍；各地发展不平衡，城乡发展差距大，全国还有7000万贫困人口需要脱贫，经济发展和改善人民生活的任务繁重。
