（二）我国生态治理存在的问题
虽然近年来我国生态文明建设从理念到实践均取得了积极成果，但总体上仍滞后于经济社会发展，突出表现在资源约束趋紧、环境污染严重、生态系统退化三个方面。挥之不去的雾霾现象，农地、水污染导致食品安全问题，危害人体健康等，都在诉说着生态环境之痛。可以说，资源环境问题已经成为我国经济社会可持续发展最紧的约束、实现全面建成小康社会最短的短板。而在这个最短的短板中，生态治理体系和治理能力现代化又是短中之短，成为提高生态文明建设水平的巨大制约。存在的主要问题有如下七个方面：
第一，生态治理实践大大落后于理念。我党提出的生态文明建设和绿色发展理念，是指导生态治理实践的先进理念。但这一理念还没有做到真正深入人心，无论是各级干部、企事业单位或者个人，对于生态文明的认识往往只停留在保护环境上，而没有意识到生态文明和绿色发展需要进行全方位的生产生活方式变革以及产业结构调整，要求政府转变职能和工作思路，企业采用节能减排新技术推进绿色生产，个人身体力行绿色生活方式。认识不到位，就必然会导致行动自觉的缺乏，既不能自觉做出符合生态文明建设要求的行动，也不能自觉参与生态治理的活动。
第二，生态治理现代化的顶层设计有待完善。虽然党中央已经明确提出经济建设、政治建设、文化建设、社会建设、生态文明建设“五位一体”总体布局，要求把生态文明建设融入经济、政治、文化、社会建设各方面和全过程，但在实践中，各地方往往对经济建设重视程度高，对生态文明建设重视程度低；在生态文明建设中，对环境治理注重程度高，甚至认为生态文明建设就是对环境保护工作的提升，对生态文明建设其他方面的治理，比如涉及经济、政治、社会、文化领域的生态治理却没有给予应有的重视，不仅制度建设严重滞后，而且缺乏相关标准和明确要求，治理体系大大滞后于生态文明建设要求。这种生态文明建设与其他建设存在脱节的情况，显然无法达到更加理性、均衡地处理人与自然、发展与保护关系的生态治理现代化的要求。
第三，先进的生态治理理念同落后的生态环境管理体制之间存在矛盾。在环境形势极其严峻的今天，环境保护无疑是生态文明建设一项重要而紧迫的任务。但是，生态治理要求看到生态的整体性和统一性，实行统筹谋划和治理。而现行生态环境管理体制则是行政分割的，导致很多政策落实不下去。从职责归属看，生态环境保护的责任被划分为不同部门共同管理，如环保、水利、农业、林业等部门，生态环保职能分散交叉，造成多头管理、职责不清以及责任回避的现象。从区域关系看，生态环境保护被行政区划所分割，面对日趋严峻的区域、流域复合污染时往往束手无策。从环保机构与其他机构的关系看，环境管理部门不是垂直设置，环境保护部对地方的管辖权相对有限。在地方政府内部，环保机构受同级政府的领导，在资金和人员方面依赖于地方政府并受其影响；相比其他同级机构，环保机构也往往处于弱势地位，所以即使想管也往往力不从心。目前的区域环境督查中心在设计之初就存在缺陷，权限不足，对地方的监督也难以起到应有的威慑作用[10]B7。上述矛盾导致了以下问题的滋生：（1）与环境保护相关的各部门对跨界污染责任不明，相互推诿，不能相互协调配合，使生态环境保护政策难以发挥预期的效果。（2）生态环境的公共物品属性使得不同行政区域在环境治理博弈中不合作，跨区域环境污染频繁发生。某一地区的环境保护措施可能因其他行政区域的环境污染而抵消或完全失效。遭受污染的地方政府并没有权力和能力治理其他地区的污染。（3）由于缺乏跨区域的环境治理协同机制和生态补偿机制，环境污染在不同行政区域内的转移十分明显。目前不少地区之间已在开展跨区域环境治理合作机制的有益尝试，但还缺乏稳定性和制度性，制度效率较低[11]。总之，生态环境管理体制与建设生态文明的要求还相距甚远。面对日趋严峻的区域、流域复合污染，区域、流域环境管理体制还没有理顺，陆海污染防治缺乏统筹，污染防治区域联动机制刚刚起步，区域、流域环境合作缺乏法律依据，致使解决跨区域环境问题难度很大[12]。
