从2009年开始讨论，到了2011年，仍有三大难题使得中央政府没有拿出一个方案在全国来推行。第一个是减税。1994年改革的时候，总体税负不变。但是这次营业税改增值税第一个要求就是要降低服务业的税负。这就出现问题了，营业税是地方税，减税的企业受益但是政府的收益会减少，地方政府就可能提出要中央给补贴。总体来说，所有中央决定减地方税的，中央都会有补贴。要想减税发展服务业，就要有政府承担收入减少的损失，比例却一时定不下来。
第二个，营业税改成增值税，增值税是中央地方七五二五分成的，营业税改增值税的部分要不要二五七五分成？减税是政府和企业的关系，但是减税以后增值税如果分成，等于是中央政府和地方政府的分配有调整。如果要进行这个调整，地方的收入就会减少一大笔。
第三个问题，营业税是地方税务局管的，增值税是国税局管的，那么营改增以后让谁来管？因为增值税管理最大的特点是采用信息化系统，如果把营业税改增值税以后交由国税局管，好处是信息化的系统是现成的，坏处是地税局的业务量会大幅度减少。但如果让地税局自己管，建设这套系统要几十亿元的资金，地方政府不一定愿意出这个钱。而且即使建了系统，国税一个系统，地税一个系统，服务业和制造业又相互有业务往来，地税局国税局之间再加上县级市级省级地税局之间进行数据对比，就会导致运行的效率很低。
上海试点的好处吸引了其他地区
所以，虽然学术界、政府部门和企业界没有任何一个人、没有任何一个单位反对营改增，但是到方案的设计上问题就来了，减税要中央补贴，中央没钱，因为营业税数额大。这个问题不定方案就很难写。还要讨论现在的形势能不能让中央从地方又集中一部分的收入。而且有相当一部分地税局坚决不同意由国税局来管营业税改成的增值税，但是它们又要求省里给我建系统。
在这个形势下，上海率先突破了这个事。因为国务院要求上海大力发展服务业，所以上海要调整产业结构。上海研究以后得出一个结论，要想在上海发展服务业，很多事上海可以自己解决，但是如果中央不支持他们把营业税改成增值税的话，上海想搞服务业就是一句空话。上海专门成立了一个班子研究这个事，后来下了决心，减的收入上海自己承担，不和中央要一分钱补贴。但是营改增形成的增值税百分之百都归上海，中央不再分成。做出这么一个决策后报告了国务院，核心就一条，增值税不分成中央同不同意？最终，上海的方案得到了财政部和税务总局的支持，上海开始试点。
对此，许善达给出了一组数字：上海进入改革的包括除了铁路以外的交通运输业、技术开发、信息技术服务、物流等现代服务业，涉及的营业税大约是300亿元，占当地整个营业税的30%。一年之内这300亿元的税减了120亿元，达到40%。还不仅如此，因为这些行业已经改成缴纳增值税了，原来的增值税纳税人购买这些企业的服务，可以获得增值税抵扣的发票，这样的抵扣又有120亿元，于是整个减税规模超过了240亿元。2012年试点了一年，虽然当地的地区生产总值(G D P)同比增长只有一位数，但是在营业税改增值税的领域增长却是两位数。
