在这次确权中，也出现了一些难题，比如实测土地面积与承包合同及原来的经营权证书记载有出入。就此，铅山县的办法是，对二轮合同面积因地块等级不同折亩计算的，要在登记簿“承包地块情况”的“承包第二轮合同面积”栏注明，对出入较大的要对土地地籍草图进行审核，在村、组进行公示，公示无异议的，对能确权等级，经营权证只填写实际测量的面积。
南方丘陵地区，土地细碎是普遍情况，难上加难。对此，贺雪峰认为，不仅南方地区地块细碎，而且农村正在出现人地分离的情况，即有承包权的农户进城了，而留村种田农民却不得不面对更加支离破碎的耕地难以耕作。
对于确权中的问题和难题，一些研究农村土地政策的专家表示，为了盘活农村土地，确权总体来说是好事情，但要充分尊重农民意愿，不能引发农村社会矛盾。
土地确权须有更深层次配套
记者调研过程中，一架无人机在铅山县永平镇上空翱翔，仅数小时，就将土地实际面积、空间位置等重要测绘数据采集归来。
“大部分航拍面积超过原承包面积。”负责测绘工作的铅山县农业局副局长王建华告诉本报记者，10天左右就可以完成全县18个乡镇土地航拍工作，精确采集重要外业测绘数据后再进行现场指认田块，保证数据的准确性。
从2008年开始，中央一号文件连续6年提出开展确权登记试点和扩大试点的要求。去年，中央一号文件更是明确提出：“用5年时间基本完成农村土地承包经营权确权登记颁证工作，妥善解决农户承包地块面积不准、四至不清等问题”。
本报记者在调研时也发现，确权工作也遇到了部分农民与基层干部对确权工作认识不到位，测量技术相对不足、人员经费紧张等难题。
在铅山县紫溪乡，一位女性村民就向记者表示了担忧，问为什么要确权登记，是不是只为了土地流转？以后家庭增加人口了还能不能调整田亩？
这个问题在确权工作中较为普遍。在土地二轮承包后，中央明确承包土地“三十年不变”，由于出嫁、娶媳妇、分家等因素，少数农民要求重新调整承包地，给这次确权工作也带来一定的困难。
