（三）科技创新难以在短期内支撑经济转型升级。无论提高经济发展质量还是产业转型升级，都需要科技创新的支撑，科技创新也被赋予了成为新的经济增长点的使命并被寄予厚望。但是，一方面，中国长期以来科技创新供给不足。2011年，中国R&D经费投入强度（占GDP比重）为1.84%，与丹麦的3.09%、以色列的4.38%、瑞典的3.37%、芬兰的3.78%和美国的3.07%比，差距很大。同时，中国75%的企业没有专职人员从事研发，缺乏开发型技术人员，全国高层次的创新人才和科技领军人才更是严重匮乏，导致科技成果质量不高，很难适应转型发展的需要。
另一方面，由于中国仍处于转型期，市场竞争力主要依靠廉价的劳动力和投资扩张，而不是技术创新带来的收益，加之自主创新存在着很多不确定性，高投资、高风险、低收益，导致企业自主创新投入低、成果少。当经济发展需求没有转换为对科技的需求时，技术创新就不可能成为经济发展的动力。科技创新的内在规律和长期存在的“短板”，使得科技创新在短期内很难为经济转型升级提供强有力的支撑。
（四）污染控制对完成工业节能目标来说既是机遇也是挑战。2013年1月发生的涉及30个省（自治区、直辖市）的雾霾天气，特别是在京津冀地区发生的连续多次的强霾污染，引起全社会的深刻反思，在拷问中国发展模式的同时，也对节能减排工作提出了新要求，在完成节能目标的同时还必须完成减排目标。2013年2月，环保部公布《环境空气细颗粒物污染防治技术政策（征求意见稿）》，使原计划作为“十三五”工作重点的颗粒物治理也被提前到了“十二五”。这加大了钢铁、建材、化工、发电等行业节能环保的压力。目前中国水泥工业氮氧化物排放水平普遍在880毫克/标准立方米，排放标准修订后，将由880毫克/标准立方米降低到450毫克/标准立方米，新建水泥生产线要求低于320毫克/标准立方米。采用修订后的排放标准，不仅使每吨水泥成本增加20元至40元，也必将增加用电量，这增加了水泥行业完成增加值能耗下降率目标的难度。
（五）节能政策措施的执行遇到前所未有的挑战。“十一五”以来国家出台的一系列重大节能政策措施在2013年明显出现失效现象。例如：2013年，由于国家与地方完成节能目标统计数据差距大，导致省级政府节能目标责任年度考核工作难以为继，“十二五”完成节能目标的压力难以从中央传递到地方；参与“万家企业节能低碳行动”的90%以上的企业由于节能量目标的设定及分解方法存在缺陷，截止到2013年年底已完成五年的节能量目标；多项节能奖励政策因顶层设计存在薄弱环节、政府监管不完善等造成政策执行成本过高、奖励资金使用效率受到影响。“十二五”中后期及“十三五”应如何实施有效的政府引导，存在极大挑战。
要转变经济发展方式，改变依靠高资源投入、高环境污染代价实现低效扩张的增长路径，还需执行较高的节能目标，但需要调整指标执行方式，实行与GDP增速逆向关联的调整方式
