跨行政区域（流域）战略环评主要包括大区域战略环评、省（市）级行政区域战略环评、国家级经济区战略环评。
为便于推动战略环评成果落实，大区域战略环评应尽可能涵盖完整的省级或市级行政区域，并重点侧重协调省际区域的空间格局、发展定位和方向、跨行政区域的环境影响、大区域环境政策及区域协作机制等。
省（市）级行政区域战略环评要侧重于协调全省（市）产业发展定位及空间格局优化，协调和解决不同地市（区县）之间的跨区域环境问题，以及环境政策及协作机制等。市级行政区域的战略环评必须与城市总规的环评有所区分和界定，同时要处理好与下层位规划环评的关系。
尽管目前国家级经济区战略环评采用批复规划的方式来管理，但从其内容来看，协调的仍然是不同行政区域之间的经济发展定位和空间格局，应从环境角度更突出其宏观性。
规划环评方面。由于规划体系本身复杂、交叉等情况，要尽可能归并界定，确保规划环评的效果。重点可分为几类：城市区域类、流域海域开发类、交通网络类、资源开发类、产业园区类。其中，涉及跨（省、市、县）级行政区域的，应将协调区域发展与环境的关系作为重要内容，并将相关意见落实到相关行政区域。
项目环评方面。在现有登记表改为备案管理的基础上，进一步压缩报告表范围，突出项目环评企业承诺的特点，明确污染治理措施、生态修复措施及与排污许可管理等衔接。区域的环境问题，应交由战略环评、规划环评去解决。
其次，切实推动政府规划决策信息公开及信息共享机制建设。政府战略、规划及决策信息对于下级行政区域、下层位决策环节具有十分重要的指导意义，而下层位的决策信息又是对于上层位信息的落实和反馈。在项目环评公众参与和信息公开备受关注、邻避现象不断出现的情况下，政府和部门宏观层面的环评信息，绝不能只停留在环评信息本身的公开，而必须建立在宏观决策信息的可参与性和公开基础上，同时建立部门之间、政府不同层级之间的信息共享机制，否则将严重制约环评体系作用的发挥。
第三，建立环评真正参与政府部门企业决策的保障机制。环评体系作用的发挥，有赖于从宏观到中观、再到微观的各决策环节的落实。这个过程需要切实的制度保障。在当前改革不断深化的大背景下，一方面，项目环评已经不作为项目核准的前置条件，而是并联审批；另一方面，审议通过的《环评法》已经在推动规划环评与规划的互动与融合。因此，要建立切实的保障机制，确保环评纳入决策，防止“两张皮”。
第四，建立明晰、完善的全过程责任追究机制。加快建立覆盖从宏观到微观整个体系的完善的责任追究机制，切实保障政府、部门和企业在能够落实好各项工作，确保责任主体依法决策好、落实好，要使监管部门敢于发声，依靠公众和社会的力量强化监督，推动主体责任落实。
