克服“左”的思想，防止右的倾向，加强对宗教事务的领导
针对“文化大革命”时期党的宗教工作受到严重破坏的局面，习仲勋指出新时期宗教工作的首要任务是防止和克服“左”的思想，但也不能放任自流，从而衍生出右的错误。1982年1月5日，习仲勋在全国统战工作会议上指出了新时期宗教工作存在的主要问题：“民族问题、宗教问题，‘左’的影响还是主要的，但是也有右的倾向。”“宗教问题，一个是不敢管，一个是不放手，两种情况都有。”【25】习仲勋针对宗教工作中“不敢管”“不放手”两种倾向而提出的转轨方案，是对新时期党的宗教工作指导思想的重新确立的重大贡献。1982年3月31日，中共中央印发19号文件《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策》，习仲勋的转轨方案得以体现。文件指出，为了全面正确地贯彻执行党的宗教政策，当前主要应反对“左”的错误倾向，同时也要防止和克服放任自流的错误倾向，“我们党如果不能清醒而坚定地掌握这一方面的问题，我们就不能很好地团结各族人民共同前进”【26】。
习仲勋具有长期在西北民族聚集地区的工作经历，积累了处理民族宗教问题的丰富经验，在处理新时期民族宗教工作时驾轻就熟、得心应手。上世纪80年代初期，在习仲勋的指导下，我国有关方面妥善解决“呼喊派”反动组织的问题，是我国党和政府积极防治宗教右倾错误的鲜明例证。“呼喊派”创立于美国，70年代传入中国，80年代初在河北、福建、浙江等地快速发展，最严重时波及19个省区，被外国势力利用来反对中国共产党和人民政府。习仲勋认为这是一个严重问题，当即批示“这是一个极不安定团结的潜在威胁”，要求“及早研究制定综合治理办法”。1983年3月16日，他致信主管政法工作的中央书记处书记陈丕显：“各地出现的‘呼喊派’问题，确实严重，不容忽视，必须采取有力措施，切实加以解决。”3月24日，在北京召开研究治理“呼喊派”问题的专门会议上，习仲勋作重要讲话，深刻分析“呼喊派”出现的社会背景、反动本质和社会危害性，提出对该组织必须进行综合治理。他把综合治理的措施总结为五句话：“充分运用法律武器，坚决打击首恶分子，认真落实宗教政策，深入做好群众工作，切实加强党政领导。”【27】这次会议对打击“呼喊派”做出了具体部署，明确了政策界限和斗争策略。各有关省区按照中央部署和习仲勋的指示，迅速开展打击“呼喊派”的斗争。经过一年多努力，取得了彻底胜利，瓦解、取缔了“呼喊派”反动组织，揭露和打击了极少数反动骨干分子，进一步落实了宗教政策，争取团结了广大信教群众，促进了安定团结的政治局面。
习仲勋十分重视对青年学生进行马列主义宗教观的教育。新疆伊犁师范学院有500多名学生，60%是维吾尔族、哈萨克族等少数民族学生。由于家庭成员信仰宗教，他们阅读宗教书籍，回家参加宗教活动。针对这种情况，学院采取多种形式，进行马克思主义宗教观教育，帮助学生正确认识宗教。经过细致的思想教育，同学们对宗教有了正确的认识，对党和国家产生了由衷的热爱之情。许多学生参加了共青团，不少学生还申请加入中国共产党。1982年，习仲勋看到该校对学生进行正确宗教观教育的经验后，称赞“学院党委工作有成绩，路子走得对，涌现了一个集体的李燕杰式的样板”，并指示国家民委加注按语转发各省市区。中央统战部按照习仲勋的批示，将这个学院的经验在全国推广，收到明显效果。
宁夏回族自治区有伊斯兰教阿訇2000多人，大部分年龄偏大。随着宗教生活的恢复和清真寺的开放，一些信教地区的穆斯林聘请不到有经学基础的阿訇，便私自培训阿訇，吸收青少年念经。为了把宗教生活纳入正轨，自治区伊斯兰教协会根据中央1982年19号文件精神，决定开办阿訇进修班，每年举办一期，逐步造就一支热爱祖国、拥护党和社会主义、又有相当伊斯兰经学学识的中青年宗教职业队伍，以满足穆斯林群众正常宗教活动的需要。习仲勋对这个做法非常赞同，于1982年12月6日批示给中央统战部部长杨静仁：“这是一个好办法，值得重视。请杨静仁同志指定负责管理宗教的同志考虑，别的宗教如喇嘛教、佛教可否用此办法，培训专业宗教职业人员，来管理群众的正常宗教活动。”【28】此后，各个宗教的培训机构逐渐建立和完善起来。
