根据我国《刑事诉讼法》第四十八条规定，可用于证明案件事实的材料，都是证据，因此包括物证、书证、证人证言、鉴定意见、视听资料等八种可能存在客观事实疑难的情形。以上八种可以证明案件事实的证明材料既反映案件的客观事实，又同时具有法律属性；可能同时存疑，也可能部分存疑。该种存疑的情形都属于客观事实疑难的范畴，司法审判正是在已有的客观事实基础上先进行事实判断，进而进行价值判断。哪种事实存疑达到不能认定嫌疑人有罪的程度，以及哪种客观事实存疑但法律事实清楚可以认定为有罪，正是事实疑难最值得研究和探讨的问题。我国尚未出台专门的刑事诉讼证据规则，现有法律和司法解释中有关刑事诉讼证据规则的规定及条文有的仅做了原则性的规定，有的则不涉及审判环节，对于刑事疑难案件适用“罪疑从无”“疑罪从轻”的原则缺乏可操作性。
公、检、法三阶段中事实疑难的法理分析
首先，避免客观事实疑难的重点在于侦查阶段，因为该阶段主要考察犯罪嫌疑人是否有罪存疑的情形，由公安机关搜集嫌疑人有罪或者无罪的所有客观事实，办案人员侧重于事实判断而非价值判断。因此，侦查阶段是杜绝刑事错案至关重要的环节，如果事实判断有误，后续的起诉、审判便成了无源之水。当下，录音、录像的留证、取证已经不再困难，应逐渐将录音、录像资料与起诉、送审紧密结合起来。根据《公安机关现场执法视音频记录工作规定》第十九条：对应当进行现场记录的执法活动未予记录，影响案件处理或者造成其他不良影响的；剪接、删改、损毁、丢失现场执法视、音频资料的情形，应当追究相关单位和人员的责任。
从法理的角度来讲，对于规定应有录音、录像的执法活动，公安机关却提供不出的情形，因被告不同，处理原则可以分为四种：第一，以公安机关为被告的案件中，举证责任在公安机关。执法过程明令要求有录音、录像资料，如果公安机关不能提供，或者视、音频资料非人为（有证据证明非办案人员主观故意）被损毁，皆应由公安机关及相关办事人员承担不利后果；第二，以普通公民为被告的刑事案件中，程序规定公安机关应当录音、录像，但关键证据（例如嫌疑人认罪的审讯过程、执法过程的视、音频）缺失，无论办案人员是否存在主观故意的情形，在侦查阶段不得认定嫌疑人有罪；第三，程序规定应由公安机关提供视、音频资料时，提供的资料经过删改和剪辑，或人为损毁，存在主观故意的情形，应当追究相关办事人员的法律责任；第四，非程序规定由公安机关或其他行政机关提供视、音频资料（例如小区录像、道路监控录像），如果视、音频缺失，则参考是否存在其他客观事实疑难的情形（缺乏人证、司法鉴定结论为不确定等），如果多种事实疑难同时存疑，搜集的证明材料无法明确指向犯罪嫌疑人，则无法判断嫌疑人有罪。
其次，对检察起诉阶段的案件事实疑难，我国的检察院刑事诉讼规则从两个维度进行了约束。第一个维度要求证据确实充分，应达到指控的犯罪事实都有相应的证据予以证明，且证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾，足以排除非被告人作案的可能性。根据《人民检察院刑事诉讼规则》第六十三条的规定，人民检察院侦查终结或者提起公诉的案件，证据应当确实、充分。第一，要求定罪量刑的事实都有证据证明，根据客观事实疑难的程度不同，检察院需要作出补充侦查或者“不起诉决定”。值得注意的是，“不起诉决定”是检察院根据客观事实作出的价值判断，分为证据不足不起诉和无犯罪事实不起诉两种情形，后者查无犯罪事实应当作出无罪释放的决定才是对嫌疑人名誉的保护，同时可以避免超期羁押对人权的侵害。第二，据以定案的证据均需经法定程序查证属实，此处的重点应当有二：一是据以定案的证据是否系经法定程序搜集的，二是经过法定程序搜集的证据是否已经查证属实。不可忽略法定程序的重要，对于违反法定程序（包括刑讯逼供）搜集的证据，应当采取“非法证据排除”规则；第三，要求综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑，虽然法规并未对达到“合理怀疑”的具体内容进行界定，这里的排除合理怀疑应是指排除客观事实疑难。
第二个维度，从《人民检察院刑事诉讼规则》第三百九十条的内容来看，对达不到“合理怀疑”程度的客观事实如何界定作出了参考，其中规定可以确定犯罪事实已经查清的情形有四种，包含了部分客观事实存疑的情形，可理解为：法律事实已经查清，部分不影响定罪量刑的客观事实未查清时，可以确定为犯罪事实已经查清，符合提起公诉的条件。
再次，司法审判阶段是从考察法律事实疑难到客观事实疑难的倒推，最后考察法律疑难。法律事实疑难不同于法律疑难，前者属于事实疑难的范畴，后者主要考察法律的解释与适用。在美国，法官和审判陪审团有严格的分工，“审判陪审团”一般由随机抽取的12名普通公民组成，主要负责对案件事实加以裁定，法官则负责具体的法律适用。在我国，案件事实与法律适用都由法官一人审理。因此，美国乃至西方具备完善的陪审团制度的国家，通常将疑难案件理论的研究侧重于法律疑难；然则，在我国，人民陪审员对个案的形式作用大于实质作用，检察院的审查也难以完全避免事实存疑的情形，案件事实与法律适用最终都由法官裁判，排除事实疑难与排除法律疑难在我国的司法审判阶段都同样重要。
在审判阶段，事实疑难与法律疑难有可能同时存在，此时法官应首先通过真实性、合法性、关联性的考察排除事实疑难，从实质上的法律事实疑难（法律事实上是否有罪）到客观事实疑难（客观事实是否清楚有罪）进行倒推。值得注意的是，司法审判阶段考察的法律事实疑难既包括形式（是否有新罪、是否有漏罪、此罪与彼罪等）也考察实质（法律事实上是否有罪），有别于检察起诉阶段着重考察形式上的法律事实疑难。从刑事疑难案件的解决原则来看，实质上的法律事实疑难以及达到“合理怀疑”程度的客观事实疑难属于罪疑（是否有罪存疑）的范畴，应适用“罪疑从无”。未达到“合理怀疑”程度的客观事实疑难，应适用“疑罪从轻”。
