我国应急管理体系建设的核心是围绕“一案三制”，建立国家统一领导、综合协调、分类管理、分级负责、属地管理为主的应急管理体制。“一案三制”是指突发事件应急预案体系及应急管理的体制、机制和法制。应急预案是一个国家应急体系的重要组成部分，很大程度上影响着对突发事件的预警、应对与处置效果。同时，预案的编制过程本身也是总结实践经验、提升应急管理水平的一项手段。2003年非典后，我国在公共卫生应急预案体系建设方面取得了明显进展，但仍然存在一些进步空间，接下来可从以下几方面进一步完善。
提高各级政府和机构预案编制质量，做好定期更新。由于公共卫生风险发生的不确定性和危害性，我国各级政府（尤其是基层政府）、医疗卫生机构、基层组织、企事业单位、社会团体等应将公共卫生应急预案编制和管理作为一项重要工作。然而，基层受能力和资金的限制，预案编制往往存在困难，因此建议从国家层面对各地提供更多技术指导和支持。如国家卫健委和中国疾控中心可以编写更为具体、切合基层实际需求的指导性文件，以帮助各地区、各单位针对自身的经济和社会等情况，制定可操作的应急预案。国家也可通过专项基金的方式，给予各地区尤其是欠发达地区预案编制一定的资金支持，通过项目的开展带动地方开展预案编制方面的能力建设。尤其需要注意的是，各级各类预案均应定期更新，以反映不断积累的实践经验、适应政府职能调整、社会变革、新技术的发展等。
在科学研究基础上增强预案内容的科学性和实际操作性。借鉴以往的和发达国家的经验，建议未来应重视和加强基于我国公共卫生应急实践的循证研究，将研究的结果充分吸收到预案编制中。进一步完善突发公共卫生事件的分级标准，通过对各类应对措施成本效果的科学分析制定相应的应急处理方案。应急预案的各个要素应根据统一要求的标准进行细化，不仅有框架性、战略性内容，更应该有操作性、战术性的具体规定，以增强预案的实际操作性。例如，对应急组织体系与职责、人员、技术、装备、设施设备、物资、救援行动及其指挥与协调等作出具体安排，明确在突发事件发生之前、发生过程中、刚刚结束之后，谁来做、做什么、何时做，以及相应的处置方法和资源准备等。此外，预案的编制还应充分利用新技术发展的成果，如互联网、大数据、人工智能等，提高预案的技术应用水平，更好地指导预警监测、应急指挥等环节的工作。
预案应强化对医疗救治等薄弱环节以及社会经济影响应对的统筹安排。在完善公共卫生应急预案内容时，应在对各类事件严重程度充分考虑的基础上，对医疗救治、信息发布、物资储备等薄弱环节作出切实有效的安排，以避免重大事件应对中可能出现的瓶颈问题。预案编制也应将降低突发公共卫生事件对社会经济的负面影响作为核心任务之一。在预案中应对如何维护各类公共管理与服务机构正常运行，确保食品、能源、饮水等基本民生用品正常供应，支持金融、运输、电信、传媒等行业正常营业，保证各类急症和基础疾病患者正常就诊等作出妥当安排。
通过定期演练和处置评估不断修订应急预案。演习和演练预案程序也是预案管理的重要内容。各级政府应根据实际情况制定年度以及中长期应急演练计划，不断地在演练中发现问题并修订预案。通过实战演习、桌面推演、会商模拟等方法演习预案、检验预案，重在发现协同与配合中存在的预想不到之处和存在的纰漏，将预案中原则性比较强的行动框架变成具有现实可操作性的行动方案，形成预案的动态优化机制。实践是检验应急预案是否有用、管用、实用的最好标准。此次疫情应对工作结束后，应及时对依据应急预案进行的突发事件应急处置过程中的响应、决策和协同处置等情况进行评估，针对评估发现的问题进一步完善预案。
引入公共治理理念，重视社会参与。突发公共卫生事件的应对必须进一步引入公共治理的理念，建立有效的社会动员机制。社会动员融入了多中心治理的理念，具有分权、灵活、高效的特点。应急预案的编制过程应充分吸纳社会多元主体的参与，在编制过程中形成政府与社会之间的合作伙伴关系。应急预案的内容应包含社会力量参与突发公共卫生事件应急的方式和机制，使企业、非政府组织及公民个人能够有序地参与到卫生应急管理中来，形成多元主体共同应急的局面，有效弥补政府单一主体应对突发事件的不足。例如，发挥企业、非营利组织的资源优势，对应急事件提供力所能及的人力、物力、智力援助；发挥媒体的信息传递和舆论引导作用，形成良好的舆论氛围；培养公民主人翁意识和自我保护意识，在统一调度下积极参与应急管理工作。